Sua desvantagem ocorre quando a divisão do arranjo (que é baseada em comparação) fica muito desbalanceada (Isto ocorre quando: o arranjo está quase ordenado/desordenado ou estar completamente ordenado/desordenado), mostraremos isso no gráfico abaixo.
Mesmo com essa desvantagem é provado que em média seu tempo tende a ser muito rápido [Cormen, 2002], por isso o nome, Ordenação-Rápida (ou Quick-Sort em inglês).
Complexidade
Melhor Caso: Θ(n lg n);
Caso Médio: Tende a ser Θ(n lg n);
Pior Caso: Θ(n²).
Teste

A figura mostra um gráfico do comportamento do Quick-Sort no pior caso. Eixo Vertical: segundos de 0 à 11, Eixo Horizontal: número de elementos de 100.000 à 2.000.000.
Confira também o Quick-Sort Randômico